Hallinto
Saamelaiskäräjien sihteeristö koostuu kolmesta toimistosta: yleinen toimisto, saamen kielen toimisto sekä koulutus- ja oppimateriaalitoimisto. Sihteeristön toimintaa kehittää ja yhteen sovittaa johtoryhmä, joka koostuu toimistojen ja yksiköiden esimiehistä. Saamelaiskäräjien hallintoa johtaa hallintopäällikkö.
Saamelaiskäräjien kokouksen hyväksymässä työjärjestyksessä säädetään mm. viroista, eri elimistä ja niiden tehtävistä sekä hallintomenettelystä Saamelaiskäräjillä.
Yleinen toimisto
Yleisen toimiston tehtävänä on hoitaa Saamelaiskäräjien talous-, henkilöstö- ja muuta yleishallintoa koskevat asiat sekä asiat, joita ei ole määrätty muiden toimistojen hoidettavaksi.
Yleisen toimiston yhteydessä toimivat kulttuurikeskus Sajoksen palveluyksikkö ja sosiaali- ja terveysyksikkö sekä saamelainen lastenkulttuurikeskus, musiikkikeskus ja alkuperäiskansojen elokuvakeskus. Lisäksi sosiaali- ja terveysyksikön alaisuudessa toimii Pohjois-Suomen sosiaalialan osaamiskeskuksen saamelaisyksikkö.
Saamen kielen toimisto
Saamen kielen toimisto toteuttaa saamen kielilain (laki 1086/2003, asetus 108/2004) mukaisia tehtäviä. Se huolehtii laissa tarkoitettujen käännösten toimittamisesta eri viranomaisille ja laitoksille, avustaa viranomaisia ja laitoksia saamen kielen taitoisten tulkkien hankkimisessa sekä muissa saamen kielilaissa tarkoitetuissa tehtävissä. Lisäksi saamen kielen toimisto seuraa saamen kielilaissa säädettyjen tavoitteiden toteutumista ja tehden tarvittaessa aloitteita saamen kielen käytön edistämiseksi. Toimiston esihenkilönä toimii kieliturvasihteeri.
Koulutus- ja oppimateriaalitoimisto
Koulutus- ja oppimateriaalitoimiston tehtävänä on hoitaa saamelaisten koulutusta ja opetusta sekä saamenkielisen oppimateriaalin tuottamista koskevat asiat. Toimisto vastaa saamenkielisen oppimateriaalin suunnittelusta, valmistelusta ja jakelusta, saamelaisnuorten taidetapahtuman järjestelyistä, julkaisee saamelaisopetuksen tilastoja ja ylläpitää yhteyttä saamelaisopetusta järjestäviin kuntiin ja kouluihin sekä opetuksen hallintoon. Toimisto valmistelee ja toimeenpanee myös saamelaisten koulutusasiain yhteistyöelimen kokousten asiat ja osallistuu saamelaisen opetushallinnon pohjoismaiseen yhteistyöhön. Toimiston esihenkilönä toimii koulutussihteeri.
Toimipaikat
Saamelaiskäräjien sihteeristön päätoimipaikka sijaitsee Inarissa Saamelaiskulttuurikeskus Sajoksessa. Saamelaiskäräjillä on sivutoimipiste Hetassa.